Title: Accounting for variance heterogeneity in French dairy cattle genetic evaluation
Abstract: A linear mixed model assuming heterogeneous residual variances and known constant variance ratios was applied to the analysis of milk, fat, and protein yields, and fat and protein contents in the French Holstein, Montbeliarde, and Normande dairy cattle populations. The method was based on a log-linear model for residual variances. This log-linear model included a region-year fixed effect and a herd-year random effect with a within-herd autocorrelation. The estimates of this correlation coefficient varied from 0.64 to 0.92, according to trait and breed. Residual standard deviation for yields doubled over the last 20 years, whereas differences across regions were more limited and decreased over time. This model was compared with the homogeneous model and with the multiplicative model of Meuwissen et al. (1996) [Meuwissen, T.H.E., De Jong, G., Engel, B., 1996. Joint estimation of breeding values and heterogeneous variances of large data files. J. Dairy Sci. 79, 310–316]. Both heteroskedastic models provided very similar results. Accounting for heterogeneous variances had important consequences on cow ranking. Consequences on AI bull ranking were very limited, although the method affected estimated genetic trend and within birth year estimated breeding values (EBV) variability. Prise en compte des variances hétérogènes dans l'évaluation génétique française des bovins laitiers. Un modèle linéaire mixte supposant des variances résiduelles hétérogènes et des rapports de variance constants et connus est appliqué à l'étude des caractères de production laitière chez les bovins laitiers en race Holstein, Normande et Montbéliarde. La méthode est basée sur un modèle linéaire mixte structural des logarithmes des variances résiduelles. Ce modèle est défini par un effet fixe région*année et un effet aléatoire troupeau*année avec une autocorrélation. L'estimation de ce coefficient de corrélation varie de 0.64 à 0.92 en fonction du caractère et de la race étudiés. Pour l'ensemble des variables de quantité, l'écart-type résiduel double sur les 20 dernières années, alors que les différences entre régions sont plus limitées et diminuent au cours du temps. Ce modèle est comparé à un modèle homogène et au modèle multiplicatif de Meuwissen et al. (1996) [Meuwissen, T.H.E., De Jong, G., Engel, B., 1996. Joint estimation of breeding values and heterogeneous variances of large data files. J. Dairy Sci. 79, 310–316]. Les deux modèles hétérogènes fournissent des résultats très semblables. La prise en compte des variances hétérogènes a un impact important sur le classement des femelles. Les conséquences sur le classement des taureaux d'IA sont plus limitées bien que la méthode affecte l'estimation du progrès génétique et la variabilité des valeurs génétiques intra-année de naissance.
Publication Year: 1999
Publication Date: 1999-07-01
Language: fr
Type: article
Indexed In: ['crossref']
Access and Citation
Cited By Count: 57
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